兒科是國(guó)家中醫(yī)藥管理局中醫(yī)兒科區(qū)域診療中心，福建省中醫(yī)兒科醫(yī)學(xué)中心，福建中醫(yī)藥大學(xué)中醫(yī)兒科研究所，入選2018年艾力彼中國(guó)中醫(yī)醫(yī)院最佳臨床型?？?，全國(guó)首批中醫(yī)兒科碩士授權(quán)點(diǎn)。

科室由門診（含小兒腎臟病、過敏性疾病、兒童體質(zhì)調(diào)理、生長(zhǎng)發(fā)育專病門診）、病房、曾章超全國(guó)名老中醫(yī)藥專家傳承工作室、鄭健福建省名中醫(yī)工作室、曾章超福建省名中醫(yī)工作室組成。現(xiàn)有醫(yī)師20人（在職13人，退休返聘7人），其中國(guó)務(wù)院特殊津貼專家2人、國(guó)家級(jí)和省級(jí)名老中醫(yī)藥專家學(xué)術(shù)經(jīng)驗(yàn)繼承工作指導(dǎo)老師2人、福建省名中醫(yī)2人、福建省衛(wèi)生系統(tǒng)有突出貢獻(xiàn)中青年專家1人、福建省“百千萬”人才1人、福建省名教師1人。主要開展兒童常見病、多發(fā)病診療以及兒童保健康復(fù)，尤其在中西醫(yī)結(jié)合防治小兒腎臟病，紫癜、鼻炎、哮喘等過敏性疾病方面有獨(dú)特的優(yōu)勢(shì)。研發(fā)“清解腎康靈”、“醒鼻凝膠滴鼻劑" 等中藥制劑，臨床療效顯著，其中“醒鼻凝膠滴鼻劑"獲得國(guó)家發(fā)明專利。開展穴位貼敷、小兒推拿、中藥藥浴、放血療法、中藥鼻霧化、中藥藥膳等中醫(yī)特色療法。

科室先后承擔(dān)國(guó)家自然基金科研項(xiàng)目7項(xiàng)，發(fā)表專業(yè)學(xué)術(shù)論文200余篇，主編或參編教材和專著20余部，榮獲省部（局）級(jí)科技成果獎(jiǎng)7項(xiàng)，廳級(jí)科技成果獎(jiǎng)12項(xiàng)。